1) เพื่อยกระดับด้านมาตรฐาน คุณภาพ และความปลอดภัยของสินค้าเกษตรและอาหารของไทย เพื่อประโยชน์ทั้งของผู้ผลิตและผู้บริโภคในประเทศ และของผู้บริโภคในตลาดต่างประเทศ
2) เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการแข่งขันด้านสินค้าเกษตรและอาหารของประเทศอย่างยั่งยืนโดยการใช้มาตรฐาน คุณภาพ และความปลอดภัย เป็นการสร้างรายได้และเสริมสร้างความเข้มแข็งให้กับเศรษฐกิจของประเทศ
3) เพื่อสนับสนุนให้เกิดความต้องการสินค้าเกษตรและอาหารที่มีมาตรฐาน คุณภาพ และความปลอดภัย (Demand–Driven) โดยสร้างความตระหนักให้เห็นความสำคัญตลอดจนความรู้ความเข้าใจที่ถูกต้องเรื่องมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหาร
4) เพื่อบูรณาการทุกหน่วยงานที่เกี่ยวข้องของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ให้สามารถดำเนินการแผนงาน โครงการ ตลอดจนการบังคับใช้กฎหมาย กฎระเบียบต่างๆ ได้อย่างสอดคล้องกับยุทธศาสตร์อย่างมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล รวมทั้งเพื่อเชื่อมโยงการดำเนินงานของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์กับหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง ภาคเอกชน องค์กรบริหารการปกครองส่วนท้องถิ่น และอื่นๆ

4 ปีงบประมาณ (2553 – 2556) คือ ตุลาคม 2552 – กันยายน 2556

1. ยุทธศาสตร์ที่ 1 พัฒนาสินค้าเกษตรคุณภาพรายสินค้าพืช ประมง ปศุสัตว์
2. ยุทธศาสตร์ที่ 2 สนับสนุนผู้ผลิตเข้าสู่ระบบมาตรฐาน
3. ยุทธศาสตร์ที่ 3 วิจัยและพัฒนาผลิตภัณฑ์และตลาดสินค้าคุณภาพ
4. ยุทธศาสตร์ที่ 4 สร้างระบบอาหารศึกษาเพื่อส่งเสริมและพัฒนาองค์ ความรู้ด้านมาตรฐาน
5. ยุทธศาสตร์ที่ 5 สร้างความมั่นใจในมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารของไทย