คณะรัฐมนตรีมีมติ (๔ มีนาคม ๒๕๔๖) รับทราบและเห็นชอบผลการหารือเรื่อง กรอบแนวทางปฏิบัติการตรวจสอบและควบคุมคุณภาพสินค้าเกษตรและอาหาร (Food Safety) โดยคณะรัฐมนตรีเห็นว่ากระบวนการตรวจสอบควรดำเนินการให้ครอบคลุมทั้งผู้ประกอบการรายใหญ่และรายย่อย รวมทั้งกำหนดอัตราค่าตอบแทนหรือรางวัลนำจับให้แก่เจ้าหน้าที่ ที่ทำการตรวจจับการจำหน่ายยา เภสัชเคมีภัณฑ์ ปัจจัยการผลิตและเคมีภัณฑ์การเกษตร ส่วนการลงโทษผู้กระทำผิดกฎหมาย ให้สำนักงานตำรวจแห่งชาติถือเป็นหลักการที่จะต้องดำเนินคดีตามกฎหมาย แก่ผู้กระทำผิด โดยแยกการกระทำความผิดในแต่ละครั้งเป็นรายสำนวนทุกครั้งอย่างเคร่งครัด

คณะรัฐมนตรีมีมติ (๑๘ มีนาคม ๒๕๔๖) รับทราบและเห็นชอบแผนป้องกันและแก้ไขปัญหาการนำยาสัตว์และเภสัชเคมีภัณฑ์ไปใช้ผิดวัตถุประสงค์ เพื่อให้หน่วยงานที่เกี่ยวข้องมีแนวทางที่ชัดเจนสามารถนำไปปฏิบัติ เพื่อป้องกันและแก้ไขปัญหาการนำยาสัตว์และเภสัชเคมีภัณฑ์ไปใช้ผิดวัตถุประสงค์ได้อย่างรวดเร็ว ทันการณ์ และมีประสิทธิผลสูงสุด รวมทั้งอนุมัติ ในหลักการแนวทางการดำเนินการแก้ไขปัญหาการใช้สารเร่งเนื้อแดงหรือสารกลุ่มเบต้าอะโกนิสต์ในสุกร ในระดับฟาร์มเลี้ยงสัตว์ โรงฆ่าสัตว์ และสถานที่จำหน่ายเนื้อสัตว์

คณะรัฐมนตรีมีมติ (๑ เมษายน ๒๕๔๖) เห็นชอบให้รองนายกรัฐมนตรี (นายสุวิทย์ คุณกิตติ) รับเรื่องการจัดตั้งห้องทดสอบคุณภาพมาตรฐานสินค้า (test lab.) เพื่อการส่งออก เพื่อให้สินค้าส่งออกประเภทต่างๆ ของไทย มีคุณภาพ มาตรฐาน และความปลอดภัย เป็นที่ยอมรับในตลาดโลก รวมทั้งสามารถส่งออกไปจำหน่ายยังประเทศต่างๆ ได้ โดยไม่ถูกกีดกัน โดยมาตรการที่มิใช่ภาษี (non-tariff barriers-NTB) ไปพิจารณาร่วมกับส่วนราชการและหน่วยงานอื่น ที่เกี่ยวข้องให้ได้ข้อยุติ ทั้งในส่วนการดำเนินการของภาครัฐ รูปแบบที่จะดำเนินการ ตลอดจนการสนับสนุน การดำเนินงานของภาคเอกชนให้สอดคล้องกัน

คณะรัฐมนตรีมีมติ (๒๒ เมษายน ๒๕๔๖) เห็นชอบในหลักการโครงการวิจัยและพัฒนาเทคโนโลยีชีวภาพเพื่อเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขัน : สินค้ายุทธศาสตร์หลักทางการเกษตร ๓ รายการ ได้แก่ กุ้ง ข้าว มันสำปะหลังและแป้ง (สำหรับเรื่องอ้อยให้ชะลอการดำเนินการไว้ก่อน) และการสร้างความเข้มแข็งของประเทศทางด้านเทคโนโลยีจีโนม

คณะรัฐมนตรีมีมติ (๓ มิถุนายน ๒๕๔๖) เห็นชอบการจัดระบบการใช้ประโยชน์พื้นที่ชายฝั่งทะเลตะวันออก โดยให้สำรวจตรวจสอบสภาพข้อเท็จจริงของการใช้พื้นที่ชายทะเลฝั่งตะวันออกตั้งแต่เขตจังหวัดชลบุรีลงไปถึงเขตจังหวัดเพชรบุรี และพิจารณาจัดระบบการใช้ประโยชน์ให้เหมาะสมเพื่อรักษาสภาพแวดล้อมและสัตว์น้ำให้มีความยั่งยืน

คณะรัฐมนตรีมีมติ (๑๗ มิถุนายน ๒๕๔๖) อนุมัติหลักการร่างกฎกระทรวงว่าด้วยการกำหนดโรคระบาด โรคหรือลักษณะของสัตว์หรือเนื้อสัตว์ที่ไม่เหมาะสมจะใช้เนื้อสัตว์เช่นนั้นเป็นอาหาร พ.ศ. .... (กำหนดลักษณะของสัตว์และเนื้อสัตว์ที่ตรวจพบว่า มีสารกลุ่มเบต้าอะโกนิสท์ตกค้าง ให้ถือว่าไม่เหมาะสมที่จะใช้เนื้อสัตว์นั้นเป็นอาหาร) รวมทั้งอนุมัติตามมติคณะกรรมการกลั่นกรองเรื่องเสนอคณะรัฐมนตรี คณะที่ ๖ อนุมัติหลักการร่างกฎกระทรวง ฉบับที่ .. (พ.ศ. ....) ออกตามความในพระราชบัญญัติอาหาร พ.ศ. ๒๕๒๒ (ยกเลิกความในข้อ ๔ ของกฎกระทรวง ฉบับที่ ๒ (พ.ศ. ๒๕๒๒) ออกตามความในพระราชบัญญัติอาหาร พ.ศ. ๒๕๒๒ ลงวันที่ ๑๗ พฤศจิกายน พ.ศ. ๒๕๒๒ โดยกำหนดใหม่ให้ผู้รับอนุญาตนำเข้าซึ่งอาหารเพื่อจำหน่ายต้องปฏิบัติ) รวมทั้งเห็นชอบการกำหนดให้ปี พ.ศ. ๒๕๔๗ เป็นปีแห่งสุขภาพอนามัย ซึ่งจะรณรงค์และเผยแพร่คุณภาพและมาตรฐานอาหารของไทยให้เป็นที่แพร่หลายและกว้างขวางออกไปทั้งในและต่างประเทศ โดยกระทรวงสาธารณสุข ได้จัดทำแผนยุทธศาสตร์ความปลอดภัยด้านอาหาร (food safety) แล้ว กับเห็นชอบการจัดตั้งบริษัทมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหาร จำกัด สำหรับงบประมาณเพื่อการนี้ จำนวน ๑,๙๕๐ ล้านบาท ให้ใช้จ่ายโดยส่วนที่ ๑ ทุนจดทะเบียนสำหรับการจัดตั้งบริษัทฯ จำนวน ๒๕๐ ล้านบาท ให้เบิกเป็นเงินจ่ายขาดจากงบปรับปรุงโครงสร้างทางเศรษฐกิจและสังคม ประจำปีงบประมาณ พ.ศ. ๒๕๔๖ ส่วนที่ ๒ เงินลงทุนและงบดำเนินการของบริษัทฯ จำนวน ๑,๗๐๐ ล้านบาท ให้เบิกเป็นเงินยืม

คณะรัฐมนตรีมีมติ (๘ กรกฎาคม ๒๕๔๖) รับทราบรายงานการแก้ไขปัญหาการยกเลิกมาตรการตรวจสอบกุ้งไก่ในประชาคมยุโรป จากกรณีที่มีการตรวจสอบสินค้ากุ้งซึ่งส่งออกโดยบริษัท I.C.C. COSMOS (1014) มีใบรับรองการตรวจสอบเลขที่ RWIL/2002203/515 ลงวันที่ ๓ มีนาคม ๒๕๔๖ มีสาร Nitro furan ตกค้างในระดับสูง รวมทั้งพบว่าใบรับรองการตรวจสอบสารตกค้างที่บริษัทใช้เป็นเอกสารปลอม จึงได้แจ้งให้ทางประชาคมฯ ทราบถึงการสั่งการยกเลิกบริษัทดังกล่าวออกจากบัญชีรายชื่อผู้ส่งออกสินค้าไปยังประชาคมฯ และ ได้ตั้งคณะทำงานพิเศษเพื่อสอบสวนและเสนอมาตรการแก้ไขปัญหาในการควบคุมกำกับดูแลปัญหาการตรวจสอบออกใบรับรอง และดำเนินการกับผู้กระทำผิด

คณะรัฐมนตรีมีมติ (๒๙ กรกฎาคม ๒๕๔๖) อนุมัติตามมติคณะกรรมการกลั่นกรองเรื่องเสนอคณะรัฐมนตรี คณะที่ ๒ ที่เห็นชอบการเปิดตลาดหัวมันฝรั่งสดเพื่อแปรรูปสำหรับปี พ.ศ. ๒๕๔๖ โดยปริมาณนำเข้าในโควตา จำนวน ๒๕,๔๐๐ ตัน อัตราภาษีนำเข้าในโควตาร้อยละ ๒๗ โดยจัดสรรให้บริษัท เป๊ปซี่-โคล่า (ไทย) เทรดดิ้ง จำกัด จำนวน ๑๕,๐๐๐ ตัน บริษัทเบอร์ลี่ยุคเกอร์ ฟูดส์ จำกัด จำนวน ๗,๖๐๐ ตัน และบริษัทยูนิแชมป์ จำกัด จำนวน ๒,๘๐๐ ตัน นำเข้าเพื่อแปรรูปเดือนกรกฎาคม- ธันวาคม ๒๕๔๖ และให้สิทธิพิเศษ Asean Integration System of Preferences (AISP) แก่สาธารณรัฐประชาธิปไตยประชาชนลาวและราชอาณาจักรกัมพูชา อัตราภาษีในโควตาร้อยละศูนย์ รวมทั้งเห็นชอบ ในหลักการแผนยุทธศาสตร์ความปลอดภัยด้านอาหาร เพื่อให้อาหารที่ผลิตและบริโภคในประเทศ มีความปลอดภัยได้มาตรฐานทัดเทียมกับสากล

คณะรัฐมนตรีมีมติ (๘ กรกฎาคม ๒๕๔๖) รับทราบแผน การดำเนินการในการจัดระเบียบซื้อขายกุ้ง การเชื่อมโยงตลาดและการแก้ไขปัญหา และการจัดระบบเผยแพร่ข้อมูลแก่เกษตรกร และเห็นชอบการตรวจสอบคุณภาพและสารตกค้าง การตรวจสอบเพื่อป้องกันการลักลอบนำเข้าอย่างเข้มงวด ซึ่งอยู่ระหว่างขั้นตอนการดำเนินการ และจำเป็นต้องดำเนินการอย่างเข้มงวดและต่อเนื่องด้วย กับเห็นชอบให้กระทรวงพาณิชย์ดำเนินการจัดตั้งคณะกรรมการร่วมกับกระทรวงการคลังกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ และกระทรวงสาธารณสุข เพื่อติดตาม ควบคุม และจัดระบบการแก้ไขปัญหากุ้งโดยรวม