โครงสร้างของ Codex

1. คณะกรรมาธิการ (Codex Alimentarius Commission - CAC) ประกอบด้วย ผู้แทนจากประเทศสมาชิก Codex ทุกประเทศ รวมทั้งประเทศที่เป็นสมาชิกของ FAO หรือ WHO คณะกรรมาธิการจะแต่งตั้งประธาน (Chairperson) และรองประธาน 3 คน (Vice-Chairpersons) จากผู้แทนของประเทศสมาชิก

2. คณะกรรมการบริหาร (Executive Committee) ประกอบด้วย ประธานคณะกรรมาธิการ (Chairperson) รองประธานคณะกรรมาธิการ 3 คน (Vice-Chairpersons) และผู้แทนภูมิภาค (Geographic Representative) รวม 7 ภูมิภาค ได้แก่ แอฟริกา (Africa) เอเชีย (Asia) ยุโรป (Europe) ละตินอเมริกาและแคริบเบียน (Latin America and the Caribbean) ตะวันออกใกล้ (Near East) อเมริกาเหนือ (North America) และแปซิฟิกตะวันตกเฉียงใต้ (South-West Pacific) และผู้ประสานงานกลุ่มภูมิภาค (Regional Coordinator) รวม 6 ภูมิภาค ได้แก่ แอฟริกา เอเชีย ยุโรป ละตินอเมริกาและแคริบเบียน อเมริกาเหนือและแปซิฟิกตะวันตกเฉียงใต้ (North America and the South-West Pacific) และตะวันออกใกล้ ทั้งนี้ ประเทศสมาชิกแต่ละประเทศ สามารถเป็นสมาชิกคณะกรรมการบริหารได้ไม่เกิน 1 ตำแหน่ง

3. คณะกรรมการสาขา (Codex Committees) Codex แต่งตั้งคณะกรรมการสาขาต่าง ๆ เพื่อพิจารณาร่างมาตรฐานอาหาร Codex ได้แก่

     3.1 คณะกรรมการสาขาที่ทำงานเกี่ยวกับอาหารที่เกี่ยวกับเรื่องทั่วไป (Horizontal / General Committees) มี 10 สาขา
                     - หลักการทั่วไป (General Principles)
                     - ฉลากอาหาร (Food Labelling)
                     - ระบบตรวจสอบและการออกใบรับรองสินค้านำเข้าและส่งออก (Import and Export Inspection and Certification Systems)
                     - สารตกค้างจากยาสัตว์ในอาหาร (Residues of Veterinary Drugs in Foods)
                     - วัตถุเจือปนอาหาร (Food Additives)
                     - สารพิษตกค้าง (Pesticide Residues)
                     - สารปนเปื้อน (Contaminants in Foods)
                     - สุขลักษณะอาหาร (Food Hygiene)
                     - วิธีวิเคราะห์และชักตัวอย่าง (Methods of Analysis and Sampling)
                     - โภชนาการและอาหารที่มีวัตถุประสงค์พิเศษ (Nutrition and Foods for Special Dietary Uses)

     3.2 คณะกรรมการสาขาที่ทำงานเกี่ยวกับอาหารที่เป็นสินค้า (Vertical / Commodity Committee) มี 12 สินค้า
                     (1) Active (ดำเนินการอยู่) 4 สินค้า
                     - ผักและผลไม้สด (Fresh Fruits and Vegetables)
                     - ไขมันและน้ำมัน (Fats and Oils)
                     - เครื่องเทศและสมุนไพร (Spices and Culinary Herbs)
                     - สัตว์น้ำและผลิตภัณฑ์สัตว์น้ำ (Fish and Fishery Products)
                     (2) Adjourned sine die (หยุดดำเนินงาน) 8 สินค้า
                     - น้ำแร่ธรรมชาติ (Natural Mineral Waters)
                     - โปรตีนจากพืช (Vegetable Proteins)
                     - สุขลักษณะเนื้อ (Meat Hygiene)
                     - ผลิตภัณฑ์โกโก้ และช็อกโกแลต (Cocoa Products and Chocolate)
                     - นมและผลิตภัณฑ์นม (Milk and Milk Products)
                     - น้ำตาล (Sugars)
                     - ธัญพืช ถั่วเมล็ดแห้ง และถั่ว (Cereals, Pulses and Legumes)
                     - ผลิตภัณฑ์ผักและผลไม้ (Processed Fruits and Vegetables)

     คณะกรรมการประสานงานกลุ่มภูมิภาค (FAO/WHO Regional Coordinating Committees) มีทั้งหมด 6 กลุ่มภูมิภาค (Africa, Asia, Europe, Latin America and the Caribbean, Near East, North America and the Southwest Pacific) โดย CAC แต่งตั้งผู้ประสานงานกลุ่ม (Regional Coordinator) จากประเทศที่ได้รับเลือกจากลุ่มภูมิภาค ประเทศที่ได้รับเลือกจะเป็นเจ้าภาพจัดการประชุม และทำหน้าที่เป็นประธานการประชุมคณะกรรมการประสานงานกลุ่มภูมิภาคด้วย

     3.4 คณะกรรมการเฉพาะกิจ (AD Hoc Intergovernmental Task Forces) มี 5 คณะ โดยแบ่งเป็น
                     (1) Active (ยังดำเนินการอยู่) 0 คณะ
                     (2 ) Dissolved (ดำเนินงานเสร็จแล้ว) 5 คณะ
                     - อาหารสัตว์ (Animal Feeding) (2000-2004 and 2011-2013)
                     - น้ำผักและผลไม้ (Fruit and Vegetable Juices) (1999-2005)
                     - อาหารที่ได้จากเทคโนโลยีชีวภาพ (Foods Derived from Biotechnology) (1999-2003 and 2005-2008)
                     - อาหารแช่เยือกแข็ง (Processing and Handling of Quick Frozen Foods) (2006-2008)
                     - เชื้อดื้อยาต้านจุลชีพ (Antimicrobial Resistance) (2006-2011)