ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต มีอำนาจหน้าที่ ดังนี้

1. งานป้องกันและปราบปรามการทุจริต มีภารกิจที่ดำเนินการ ดังนี้
(1) จัดทำแผนปฏิบัติการต่อต้านการทุจริตของสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติให้สอดคล้องกับยุทธศาสตร์ชาติ แผนแม่บท นโยบายรัฐบาล และนโยบายของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ที่เกี่ยวข้องเสนอต่อเลขาธิการสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ
(2) รายงานการจัดทำแผนและผลการดำเนินการตามแผนปฏิบัติการต่อต้านการทุจริตของสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ ต่อกระทรวงเกษตรและสหกรณ์และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
(3) ดำเนินการเกี่ยวกับการรับเรื่องร้องเรียนการทุจริต การปฏิบัติหรือละเว้นการปฏิบัติหน้าที่โดยมิชอบของเจ้าหน้าที่ในสังกัดสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ และติดตามผลการดำเนินงานเรื่องดังกล่าวจนได้ข้อยุติ ตลอดจนให้ความร่วมมือสนับสนุนการต่อต้านการทุจริตกับหน่วยงานภายนอกที่เกี่ยวข้อง
(4) ติดตามผลการดำเนินงานอื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง รวมถึงการรายงานที่เกี่ยวข้องกับการป้องกันและปราบปรามการทุจริต และประพฤติมิชอบ เพื่อเสนอต่อเลขาธิการสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ และหน่วยงานภายนอกที่เกี่ยวข้อง
(5) ดำเนินการเกี่ยวกับการประเมินคุณธรรมความโปร่งใสในการดำเนินงานของหน่วยงานภาครัฐ 

2. งานส่งเสริมและคุ้มครองจริยธรรม มีภารกิจที่ดำเนินการ ดังนี้ 
(1) จัดทำแผนด้านการส่งเสริมคุณธรรมและคุ้มครองจริยธรรมของสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ ให้สอดคล้องกับนโยบายรัฐบาล และนโยบายของกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ที่เกี่ยวข้อง เสนอต่อเลขาธิการสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ
(2) รายงานการจัดทำแผนและผลการดำเนินการตามแผนส่งเสริมคุณธรรมและคุ้มครองจริยธรรมของสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ ต่อกระทรวงเกษตรและสหกรณ์และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง
(3) สนอแนะแนวทางเกี่ยวกับการเสริมสร้างระบบคุณธรรมและจริยธรรมของสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ และดำเนินการสืบสวนข้อเท็จจริงเบื้องต้นกรณีมีเรื่องร้องเรียนใจเรื่องจริยธรรมหรือมีการผ่าจริยธรรมของสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติต่อเลขาธิการสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติเพื่อพิจารณาสั่งการ
(4) ทำหน้าที่ฝ่ายเลขานุการของคณะกรรมการจริยธรรมประจำสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ
(5) ดำเนินการเผยแพร่ ปลูกฝัง ส่งเสริม ยกย่อง และติดตามสอดส่องการปฏิบัติตามประมวลจริยธรรมอย่างตรงไปตรงมา
(6) ดำเนินการและติดตามผลการปฏิบัติงาน และจัดทำรายงานสรุปผลการดำเนินงานตามยุทธศาสตร์
การส่งเสริมคุณธรรม จริยธรรมของสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ พร้อมทั้งรายงานผลการปฏิบัติงานตามหน้าที่ ความรับผิดชอบต่อคณะกรรมการจริยธรรมประจำสำนักงานมาตรฐานสินค้าเกษตรและอาหารแห่งชาติ และรายงานปลัดกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ทราบ
(7) ทำหน้าที่ให้คำปรึกษา แนะนำ ตอบคำถามเกี่ยวกับจริยธรรม

 คำสั่ง มกอช. เรื่อง ศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต ของ มกอช. และมอบหมายข้าราชการ พนักงานราชการ ปฏิบัติหน้าที่ในศูนย์ปฏิบัติการต่อต้านการทุจริต